De eerste marathon van Amsterdam werd gehouden op 5 augustus 1928, als onderdeel van de IX Olympiade. De marathon werd niet meteen een jaarlijks evenement. Er vonden edities plaats in 1931, 1932, 1933, 1935, 1938 en 1956. Vanaf 1975 werd het jaarlijks terugkerend - alleen in 1978 en 2020 (vanwege corona) vond er geen marathon plaats.
Met enige regelmaat werden er wijzigingen aangebracht in het parcours. De start en finish waren van oorsprong in het Olympisch Stadion, maar werden ook wel verplaatst naar de Dam en in 1990 naar het Museumplein. Sinds 2000 zijn start en finish weer traditiegetrouw in het Olympisch Stadion.
In 1986 diende de Stichting Internationale Marathon een verzoek in om het parcours te veranderen, zodat het meer door het centrum liep. De Dam zou worden afgezet als start- en finishterrein. In een vergadering met de politie, het GVB, de sluis- brug- en havengelddienst, de dienst openbare werken en stadsreiniging, werd hier gemakkelijk mee ingestemd.
Het wedstrijdrecord bij de mannen staat op naam van Tamirat Tola uit Ethiopië: 2:04.06 gelopen in 2021. In 1928 werd de snelste tijd neergezet door de Franse Ahmed Boughéra El Ouafi: 2:32.57. Doordat het parcours vlak is, is er bij de Amsterdamse marathon altijd hoop op een nieuw wereldrecord.
